Os bravios índios Caiapós habitavam uma vasta região do Brasil, mais especificamente em Mato Grosso e Goiás. Foram os primeiros habitantes de Pedro Gomes, desde as margens do Alto Piquiri, do rio Correntes, e do Taquari, todos em território pedrogomense. Gervásio Rebelo Leite, em 1626, conta-nos que os Caiapós ocupavam a margem direita do rio Paraná e eram o pior gentio daqueles sertões. No livro Pai Pira, Marlei Cunha relata a presença dos Caiapós, noticiada por cronistas do século XVIII. Usavam os Caiapós a incendiar a macega para tentar fazer perecer os brancos. O único meio de defesa consistia no fogo de encontro para se constituir um aceiro. Cabral Carmelo, em 1727, escreve:
“No Itapura apareciam os Caiapós, o mais bravio de todos os gentios”
Em Camapuã, Coxim (e também a região de Pedro Gomes) tornava-se indispensável escoltar os escravos encarregados dos transportes no Varadouro. Sem tal precaução, seriam infalivelmente agredidos pelos Caiapós. Eram as monções, ou bandeiras, que vinham de São Paulo, passavam por Coxim (Pedro Gomes, rio Itiquira, conhecido então como Ponte de Pedra) e iam a Cuiabá. Os irmãos Leme, Brás Domingues e seu irmão Pedro Leme, conhecido como o Torto, em 1719, fugidos de São Paulo, chegaram à região de Cuiabá, via Camapuã-Coxim. A região de Coxim começou a se tornar mais conhecida, quando, em 1726, ali passou D. Rodrigo César de Meneses, então governador da Capitania de São Paulo, pois, ali chegando, assinou a concessão de três sesmarias:
Esse último, unido a Antonio de Sousa Bastos, Manoel Caetano e padres Antonio de Morais e José de Farias, em 1729, fundaram o arraial do Beliago, à margem do rio Taquari, onde hoje, à margem oposta, se assenta Coxim, com a finalidade de socorrer as monções partidas de São Paulo para Cuiabá. Os viajantes com destino a Cuiabá, no Pardo, começavam a dar o sinal de perigo dos Caiapós. Eram robustos e ágeis, armados de arco e flecha e de uma clara ou bilro, que enfeitavam. Sobremodo traiçoeiros, sabiam admiravelmente dissimular a presença na floresta, por pintarem de modo a ficarem com a cor do mato. Procuravam sobretudo, atacar os pousos e acampamentos onde não havia vigilância. Cardoso de Abreu, em 1783, informa:
“No vale do Rio Pardo aos caçadores perturbavam a presença dos Caiapós, que tendo perto o seu alojamento, andavam pelos campos diligenciando supreende-los. Eram os gentios os mais tiranos, cruéis e indômitos”
No ano de 1838 aportaram os primeiros imigrantes na região. Entre eles, Antônio Teodoro de Carvalho, que se intitulava Capitão do exército reformado e que se apossou de uma extensa gleba de terras, antes ocupadas pelos índios, Caiapós e Coroados. O primeiro habitante branco que se fixou no local e de que se tem notícia, foi Antônio Teodoro de Carvalho.
O arraial de Beliago pouco se desenvolveu e o destacamento militar no Piquiri foi elevado à freguesia em 1850, sendo Beliago incluído dentro dos seus limites. Devido às condições técnicas, esse destacamento foi criado no hoje município de Pedro Gomes, no local conhecido como Ponte e Pedra, no Piquiri, antigo trajeto da Rodovia Campo Grande – Cuiabá. Com o tempo, tudo se transportou para o outro lado do rio e, sob influxo trazido pelo pequeno destacamento militar ali sediado, passou a ter o nome que os monçoeiros davam ao rio que despejava no Taquari, ali perto, Coxim. Bem mais tarde, houve uma tentativa para se dar à povoação o nome de Herculanea, que, por alguns tempos foi o oficial, mas a tradição imperou e seu velho nome permaneceu.
Mas, à margem de um rio navegável com a estrada que ligou ao interior de Goiás, o arraial foi-se desenvolvendo e em 1862 tomou o nome de Núcleo do Taquari, com a criação no lugar, de uma Colônia Militar, pelo governador da província, Herculano Ferreira Pena. Em abril de 1865 o núcleo é invadido por forças invasoras do Paraguai, tendo o seu comandante, capitão Antonio Pedro, se retirado do povoado, com o contingente de cento e vinte e cinco pessoas, rumo ao Norte do Estado. Aos 8 de maio do ano seguinte, a notícia da ocupação chegou a Cuiabá levada pelo cidadão Antonio Teodoro de Carvalho, morador em São Pedro, a oito léguas do núcleo. São Pedro pertence ao município de Pedro Gomes. Ali, posteriormente, se instalou o pioneiro João Serrou Camy.
No livro Seiscentas Léguas a Pé, o escritor Acyr Vaz Guimarães faz uma narrativa brilhante desse período, da invasão paraguaia a Coxim (e ao território do hoje Pedro Gomes) e da chegada da Força Expedicionária Brasileira a Coxim:
“O Governo Imperial determina, em 1862, que, na confluência do rio Coxim com o Taquari, fosse fundada uma Colônia Militar, antes, porém, já existia, do outro lado do rio, à margem esquerda, a povoação do Beliago, fundada em 1729, que visava dar socorro às monções paulistas que iam e vinham de Cuiabá, partindo de São Paulo”
Quando as forças expedicionárias ali chegaram, estava o povoado destruído pelos incêndios postos pelos paraguaios. Quando a Força Expedicionária Brasileira acampou em Coxim, juntando-se às primeiras Forças Goianas de Voluntários, foi feita a recomendação de prover o local de pequena fortificação, tendo o engenheiro das Forças promovido estudos e apresentado o projeto, muito embora não tivessem encontrado boas condições técnicas para ali levantá-la. No entanto, as Forças, ao encetarem a marcha para Miranda, deixaram no acampamento oito dos doze canhões de calibre quatro (ou la hitte). Oito canhões que teriam feito falta à Coluna, nos combates do Ápa. Esses canhões teriam sido conduzidos e assestados em local, próximo de Tauá e da fazenda Santa Luzia, no Piquiri, conhecido por Peças, de que Rondon, ao passar por ali em 1902, disse:
“Assim denominado, em lembranças de um destacamento com algumas peças de Artilharia, organizado em Coxim”
Esse local fica situado na região de Pedro Gomes. Visconde de Taunay e alguns engenheiros exploraram os caminhos até o rio Piquiri (Pedro Gomes) visitando as fazendas de Antônio de Teodoro de Carvalho e seu irmão Luís, que já estavam de volta às suas propriedades, tratando de recuperá-las do saque e incêndios que nelas tinham ocorrido, quando por lá passaram os paraguaios. Ambas as propriedades se localizam nas proximidades do ribeirão Pedro Gomes, afluente do Piquiri. A casa de Antônio Teodoro de Carvalho serviu para Taunay, que ali esteve com seus colegas engenheiros, nela se inspirar e descrever a de Pereira, no romance Inocência.
Logo após a Guerra do Paraguai, começaram a chegar os pioneiros Pedro Peró, João Serrou, Eugênia Fontoura, Dona Chiquinha, Pedro Severo, e muitos outros que aqui se fixaram e construíram família. Muito tempo depois, com a colonização do município vieram os nordestinos (maranhenses, paraibanos, cearenses, pernambucanos, baianos e muitos outros) todos eles pioneiros. Por último chegaram os paulistas, gaúchos, paranaenses, que vieram trazer o plantio da soja e também a força do progresso, constante em nosso município.
Em 1950, um pequeno povoado de casas residenciais pertencentes aos fazendeiros da região recebeu a denominação de Patrimônio Amarra-Cabelo, pois existia ali um córrego, onde os viajantes paravam para dar um retoque na indumentária. Os mais antigos moradores contam que as mulheres, quando havia festa na cidade, aí arrumavam ou amarravam os cabelos. O Distrito criado com a denominação de Pedro Gomes pela Lei Estadual nº 1161, de 19 de novembro de 1958, sendo subordinado ao município de Coxim. Elevado à categoria de município com a denominação de Pedro Gomes, pela Lei Estadual nº 1942, de 11 de novembro de 1963, desmembrado do município de Coxim e instalado em 22 de maio de 1965. Em 1977 o município passa a fazer parte do atual estado de Mato Grosso do Sul.